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掲載日：2026年1月29日
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難病指定医療機関について
新着情報
【令和7年12月8日】令和8年2月1日から、難病指定医療機関のオンライン申請システムが変わります。（詳細はこちら）
【令和8年1月23日】「難病指定医療機関一覧」情報更新しました。
ページ案内
難病指定医療機関制度について
平成27年1月からの新たな難病医療費助成制度において、指定医療機関制度が実施されています。
新制度では、都道府県知事又は指定都市市長の指定を受けた医療機関等（病院・診療所・薬局・訪問看護ステーション等）が行う医療に限り、難病患者の方が助成を受けることができます。
指定医療機関の指定を受けるためには、申請手続が必要です。以下の要件等をご確認の上、申請してください。
【注意】
- 「特定疾患医療給付制度における委託契約を締結している医療機関」及び「埼玉県医師会に加入している医療機関」についても、指定医療機関の指定を受けていないと新制度の公費請求ができませんので、ご留意ください。
- 「指定医」と「指定医療機関」は別の指定になります。「指定医」の行った診断、治療であっても、「指定医療機関」で行われたものでなければ医療費助成の対象にはなりませんので、ご留意ください。
指定医療機関申請に必要な要件
1 以下の医療機関等であること。
- 保険医療機関
- 保険薬局
- 健康保険法に規定する指定訪問看護事業者
- 介護保険法に規定する指定居宅サービス事業者（訪問看護を行う者に限る。）
- 介護保険法に規定する指定介護予防サービス事業者（介護予防訪問看護を行う者に限る。）
2 難病法第14条第2項に定める欠格事項（「誓約項目（PDF：83KB）参照」）に該当していないこと。
指定医療機関の責務について
- 指定医療機関は、指定難病の患者の療養生活の質の向上を図るため、良質かつ適切な特定医療を行わなければならない。
- 指定医療機関の診療方針は、健康保険の診療方針の例による。
- 指定医療機関は、特定医療の実施に関し、知事の指導を受けなければならない。
難病指定医療機関一覧
埼玉県（さいたま市を除く）の指定医療機関は以下のとおりです。（令和8年1月23日更新）
指定医療機関一覧は医療機関区分ごとの郵便番号順に並んでいます。
excel版（エクセル：580KB）（別ウィンドウで開きます）
pdf版（PDF：1,774KB）（別ウィンドウで開きます）
※ 他都道府県、政令市の指定医療機関につきましては、各自治体のホームページ等でご確認ください。
※ さいたま市内の指定医療機関は、さいたま市保健所ホームページでご確認ください。
※ 各医療機関が標榜している診療科名や、診療時間、外来受付時間などの情報については、
医療情報ネット（別ウィンドウで開きます）から検索できます。
難病指定医療機関向け情報
指定医療機関に関する申請手続の御案内
難病指定医療機関の手続は原則オンラインでのみ受け付けます。
なお、令和8年1月31日をもって現行の事業者申請ポータルからの申請受付を終了いたします。令和8年2月1日からは新システムで申請を受け付けます。（さいたま市の医療機関を除く）
新システムでの申請についてはこちらを御確認ください。
※1月中でも新システムで事業者登録は行えますが、申請はできません。
令和8年1月31日までの申請は従来の事業者申請ポータルにて受け付けます。また、令和8年1月31日までに事業者申請ポータルで受け付けた申請に関しましては、令和8年2月末までに事業者申請ポータルにて指定書を交付いたします。（指定書が発行される手続きのみ）
※1 インターネットが繋がらないなど、特段の事情がある場合は、疾病対策課までご連絡ください。(電話番号：048-830-3491)
※2 臨床調査個人票のオンライン化との関連性はございません。
※3 医療機関の所在地がさいたま市内である場合は、申請手続先はさいたま市保健所となります。さいたま市内の医療機関については、以下のさいたま市保健所ホームページを御確認ください。
＜さいたま市保健所ホームページ＞
https://www.city.saitama.jp/008/016/001/003/p056894.html
※以下御案内は、令和8年1月31日までのオンライン申請（事業者申請ポータル）に関する御案内となりますので、御注意ください。
申請を行う際には、以下のQ&A及びマニュアルを参照してください。
〇オンライン申請に関するQ&A（随時更新予定）（PDF：66KB）（別ウィンドウで開きます）
〇難病指定医療機関オンライン申請マニュアル（一括）（PDF：1,958KB）（別ウィンドウで開きます）
（以下に続く各手続ごとの項目に、抜粋されたマニュアルを掲載しています。）
事業者登録について
オンライン申請を行うには、事前に「埼玉県事業者申請ポータル」にて、事業者登録を行う必要があります。
（一度事業者登録を行えば、再度登録する必要はありません。）
事業者登録マニュアル（以下の画像をクリックしてください。）を参照し、事業者登録を行ってください。
（PDF：471KB）（別ウィンドウで開きます）＜注意点＞
※1 事業者登録の際に登録したメールアドレスに、申請を承認したことを通知するメールなどが届きますので、適切に保管してください。
※2 入力されたメールアドレスに誤りがある場合、パスワード設定のメールが届きません。お間違えのないようにご注意ください。
↓以下の画像をクリックすると、「埼玉県事業者申請ポータル」にページが移動します。
事業者登録についてよくある質問・回答を以下に掲載しておりますので御参照ください。
事業者登録FAQ・問い合わせ先（ワード：181KB）（別ウィンドウで開きます）
新規申請について
新規申請マニュアル（以下の画像をクリックしてください。）を参照の上、手続を行ってください。
（PDF：715KB）（別ウィンドウで開きます）＜注意点＞
※1 オンライン申請では、医療機関コードが必須の入力情報となっておりますので、関東厚生局より医療機関コードが付番されてから、新規申請を行ってください。
※2 入力された医療機関コードの内容に誤りがある場合、再度申請をしていただく必要が生じます。お間違えのないようにご注意ください。
※3 医療機関の所在地がさいたま市内である場合は、申請手続先はさいたま市保健所となります。さいたま市内の医療機関については、以下のさいたま市保健所ホームページを御確認ください。
＜さいたま市保健所ホームページ＞
https://www.city.saitama.jp/008/016/001/003/p056894.html
更新申請について
更新申請マニュアル（以下の画像をクリックしてください。）を参照の上、手続を行ってください。
（PDF：707KB）（別ウィンドウで開きます）＜注意点＞
※1 登録済みの内容から変更事項がある場合は必ず変更届出を先に行い、変更届出が承認されてから、更新申請を行ってください。（変更届出が承認された場合、承認を通知するメールが届きます。）
※2 指定医療機関の指定の有効期間は6年間です。現在指定されている有効期間の満了日以降も引き続き指定医療機関として継続する場合には、有効期間の満了日前に、更新手続を行うようお願いします。
なお、指定の更新手続が必要な医療機関へは、郵送でもお知らせいたしますので、お知らせ到着後に手続を行ってください。
変更届出について
変更届出マニュアル（以下の画像をクリックしてください。）を参照の上、手続を行ってください。
（PDF：730KB）（別ウィンドウで開きます）変更届出の対象となる事項は、以下の通りです。
〇医療機関の名称の変更
〇医療機関コードの変更を伴わない医療機関の所在地の変更（※）
〇開設者の住所、氏名又は名称の変更
〇標ぼうしている診療科名の変更
〇役員の氏名及び職名の変更 など
※法人化などに伴い、医療機関コードが変更された場合は、旧医療機関コードで辞退申出を行い、新しい医療機関コードが付番された後に新規申請を行ってください。
辞退申出について
辞退申出マニュアル（以下の画像をクリックしてください。）を参照の上、手続を行ってください。
※辞退したい日の1月以上前までに申し出る必要があります。
（PDF：649KB）（別ウィンドウで開きます）
オンライン申請が差戻された場合
申請内容に不備があり、再申請が必要な場合は、申請を差し戻します。
差戻された場合の再申請の方法については、こちら（PDF：393KB）（別ウィンドウで開きます）を御確認ください。
ユーザー名・パスワードを忘れてしまった場合
ユーザー名・パスワードを忘れてしまった場合は、こちら（PDF：400KB）（別ウィンドウで開きます）を御確認ください。
自己負担上限月額管理票の記載方法について
指定難病の患者の医療費を管理する手帳（黄色の手帳）の記載方法についてご説明します。
（自己負担上限額に達した際の管理票の記載について）
自己負担の累積額（月額）が上限額に達した後であっても、管理票中「自己負担額累積額（月額）」欄以外の項目の記載をお願いします。